Las primeras huellas de presencia humana en Perú datan de hace al menos 20000 años antes de nuestra era, pero han sido conservados muy pocos vestigios de esta época. A partir de 1250 a.c., varias civilizaciones venidas del norte, los Chavinos, los Chimús, los Nazcas y los Tiahuanacos se establecieron en la región. La ciudad de Chanchan, cuyas ruinas son visibles aún hoy, fue construida por los Chimús hacia el año 1000 a.c.

Los Incas, una tribu guerrera del sur de la sierra, se desplazó poco a poco hacia el norte de la región hasta el valle fértil de Cuzco entre los años 1100 y 1300. Su expansión comenzó en 1438, con Pacahuetec, quien emprendió la conquista de las tierras vecinas.

En 1531, el conquistador español Francisco Pizarro desembarcó en Perú con 183 hombres y, utilizando la guerra civil que dividía a los Incas, logró en menos de cinco años hacer de su imperio una posesión española.

En 1535, fundó en las orillas del río Rímac una ciudad a la cual hizo su capital, Ciudad de los Reyes, hoy Lima. Los conflictos de autoridad que opusieron enseguida a los conquistadores españoles entre ellos desembocaron en el asesinato de Pizarro.

En 1542, Carlos Quinto, con el objeto de restablecer el orden, creó el virreinato del Perú, que englobaba todas las posesiones españolas en América del Sur, con excepción de la actual Venezuela. "Nuevas leyes" fueron promulgadas, con el fin de intentar proteger a los indígenas de la violencia de la explotación de los conquistadores. Pero el primer virrey español, Nuñez de Vela, que llegó a Perú en 1544, suscitó una viva hostilidad de parte de los colonos quienes se rebelaron y lo mataron: las "nuevas leyes" no fueron aplicadas jamás.
En septiembre de 1820, José de San Martín, un argentino que había vencido a las fuerzas españolas en Chile, desembarcó con sus tropas en Perú. En julio de 1821, entró en la ciudad de Lima, sublevada.

La independencia peruana fue proclamada el 28 de julio de 1821 y San Martín recibió el título de protector, que abandonó rápidamente en favor de Simón Bolívar. En efecto, el héroe de la revolución venezolana entró en Perú en 1822, y derrotó al ejército español en 1824, durante la batalla de Junín, el 6 de agosto, y en la batalla de Ayacucho, el 9 de diciembre, con la ayuda del general Sucre.